定量PCR儀主要由兩部分組成，一個是PCR系統(tǒng)，一個是熒光檢測系統(tǒng)。選擇定量PCR儀的關(guān)鍵——由于定量PCR必需借助樣本和標準品之間的對比來實現(xiàn)定量的，對于定量PCR系統(tǒng)來說，重要的參數(shù)除了傳統(tǒng)PCR的溫控精確性、升降溫速度等等，更重要的還在于樣品孔之間的均一性，以避免微小的差別被指數(shù)級放大。
至于熒光檢測系統(tǒng)，多色多通道檢測是當今的主流趨勢——儀器的激發(fā)通道越多，儀器適用的熒光素種類越多，儀器適用范圍就越寬；多通道指可同時檢測一個樣品中的多種熒光，儀器就可以同時檢測單管內(nèi)多模版或者內(nèi)標樣品，通道越多，儀器適用范圍越寬、性能就更強大。熒光檢測系統(tǒng)主要包括激發(fā)光源和檢測器。激發(fā)光源有鹵鎢燈光源、氬離子激光器、發(fā)光二極管LED光源，前者可配多色濾光鏡實現(xiàn)不同激發(fā)波長，而單色發(fā)光二極管LED價格低、能耗少、壽命長，不過因為是單色，需要不同的LED才能更好地實現(xiàn)不同激發(fā)波長。監(jiān)測系統(tǒng)有超低溫CCD成像系統(tǒng)和PMT光電倍增管，前者可以一次對多點成像，后者靈敏度高但一次只能掃描一個樣品，需要通過逐個掃描實現(xiàn)多樣品檢測，對于大量樣品來說需要較長的時間。
定量PCR儀需要考慮的另外一個因素是軟件設(shè)計，這一點目前較新型號的儀器都有不錯的配套軟件可以滿足常規(guī)使用。