熒光定量PCR儀可標記有熒光素的探針與模板DNA混合后，完成高溫變性，低溫復性，適溫延伸的熱循環，并遵守聚合酶鏈反應規律，與模板DNA互補配對的探針被切斷，熒光素游離于反應體系中，在特定光激發下發出熒光，隨著循環次數的增加，被擴增的目的基因片段呈指數規律增長，通過實時檢測與之對應的隨擴增而變化熒光信號強度，求得CT值，同時利用數個已知模板濃度的標準品作對照，即可得出待測標本目的基因的拷貝數。
 

　　熒光定量PCR儀的PCR反應過程的關鍵是升、降溫過程的時間控制，要求越短越好，當PCR儀的降溫過程超過60s，就應該檢查儀器的制冷系統，對風冷制冷的熒光定量PCR儀要較*地清理反應底座的灰塵；對其他制冷系統應檢查相關的制冷部件。

　　PCR儀清洗：

　　1．樣品池的清洗

　　先打開蓋子，后用95%乙醇或10%清洗液浸泡樣品池5min，然后清洗被污染的孔；用微量移液器吸取液體，用棉簽吸干剩余液體；打開熒光定量PCR儀，設定保持溫度為50℃的PCR程序并使之運行，讓殘余液體揮發去除。一般5～10min即可。

　　2．熱蓋的清洗

　　對于熒光定量PCR儀當有熒光污染出現，而且這一污染并非來自樣品池時；或當有污染或殘跡物影響到熱蓋的松緊時，需要用壓縮空氣或純水清洗墊蓋底面，確保樣品池的孔鏡干凈，無污物阻擋光路。

　　3．熒光定量PCR儀外表面的清洗

　　清洗儀器的外表面可以除去灰塵和油脂，但達不到消毒的效果。選擇沒有腐蝕性的清洗劑對PCR儀的外表面進行清洗。