在超純水儀系統軟件中有兩種清洗程序.程序:1(7小時)這是在大多數情況下運用的主要清洗程序。使用這程序可以從下午下班前開始并利用晚上休息時間進行清洗。使用程序1的時候,在啟動后21分鐘后關閉出水閥，此后系統會自動運行直至第二天早上。程序2:(8小時)此程序有一個較長的浸泡過程，適用于當超濾柱的流量下降或柱已污染時。此程序必須從早晨開始。使用程序2時，必須在程序啟動后71分鐘關閉出水閥。此后，系統會自動運行。